Organisasi Siswa Intra Sekolah adalah sebuah organisasi resmi tunggal di sekolah yang diakui oleh Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi Republik Indonesia sejak 21 Maret 1970. Organisasi ini memiliki peran sebagai penggerak siswa untuk aktif berkontribusi di sekolah. Ia merupakan wadah pembinaan kesiswaan di sekolah untuk pengembangan minat, bakat serta potensi siswa. Ia berfungsi sebagai wadah untuk membicarakan beberapa hal tentang sekolah lebih lanjut, seperti acara, lomba, dan lain sebagainya. Beberapa tugas OSIS adalah menyiapkan acara sekolah dengan mengajukan proposal kepada pihak sekolah melalui berbagai pertimbangan dan kesepakatan bersama, mengumpulkan iuran dari setiap warga sekolah untuk pendanaan kegiatan maupun donasi kepada warga sekolah yang tertimpa kemalangan. Pada 21 Maret tahun 1970-1972, beberapa pimpinan organisasi siswa yang sadar akan maksud dan tujuan belajar di sekolah, ingin menghindari bahaya perpecahan di antara para siswa intra sekolah di sekolah masing-masing, setelah mendapat arahan dari pimpinan Departemen Pendidikan dan Kebudayaan. Betapa besar perhatian dan usaha pemerintah dalam membina kehidupan para siswa, maka ditetapkan OSIS sebagai salah satu jalur pembinaan kesiswaan secara nasional. Jalur tersebut terkenal dengan nama “Empat Jalur Pembinaan Kesiswaan”, yaitu : Organisasi Kesiswaan, Latihan Kepemimpinan, Kegiatan Ekstrakurikuler, Kegiatan Wawasan Wiyatamandala. Sama seperti halnya, SMP Negeri 46 Jakarta juga mempunyai Organisasi Siswa Intra Sekolah. Yang dimana sudah berjalan hingga masa bakti 2023/2024. Sehubung itu, pengurus Organisasi Siswa Intra Sekolah di SMP Negeri 46 Jakarta masa bakti 2023/2024 akan segera selesai. Maka dengan hal tersebut pengurus OSIS SMP Negeri 46 Jakarta masa bakti 2023/2024 akan melakukan kegiatan Pemilihan Calon Anggota OSIS/MPK masa bakti 2024/2025 dengan melakukan beberapa tahap, yang bertujuan untuk menciptakan generasi muda berkualitas menuju generasi emas. Mari ikut dalam Pemilihan Calon Anggota OSIS/MPK masa bakti 2024/2025 dengan moto ” Generasi Muda Berkualitas Menuju Generasi Emas “